Joensuun kaupunginteatterin ammattiteatteritoiminnan juuret ulottuvat vuosisadan alkuun. Vuonna 1912 työväenyhdistyksen näytelmäseurasta tuli Joensuun Työväen Teatteri. Toinen näytelmäseura, joka toimi Suomalaisuuden Liiton alaosastona, siirsi toimintansa 1914 juuri valmistuneeseen Kaupungintaloon ja muutti nimensä Joensuun Teatteriksi. Vuonna 1948 Joensuun Työväen Teatteri ja Joensuun Teatteri yhdistettiin osakeyhtiöpohjaiseksi Joensuun kaupunginteatteriksi.

Harvaan asutun maakuntansa ainoana ammattiteatterina Joensuun kaupunginteatteri nimettiin 1978 vakinaiseksi alueteatteriksi. Samana vuonna teatteri kunnallistettiin ja vuonna 1996 muodostettiin Joensuun Kaupunginteatteri – Pohjois-Karjalan Alueteatteri, jota ylläpitää Pohjois-Karjalan Teatteriyhdistys -niminen rekisteröity yhdistys. Yhdistyksen jäseninä ovat pohjois-karjalaiset kunnat Ilomantsi, Joensuu, Kitee, Kontiolahti, Lieksa, Liperi, Outokumpu, Polvijärvi ja Rääkkylä.

Joensuun kaupunginteatterin päänäyttämönä on Eliel Saarisen piirtämän kaupungintalon juhlasali. Sen toimivuutta teatteritilana on kohennettu vuosien varrella. Viimeisin korjausremontti valmistui 1998. Katsomossa on 273 paikkaa. Samassa talossa sijainnut teatterin harjoitussali muutettiin vuonna 1985 pieneksi näyttämöksi, jossa on 80 paikkaa. Lavastamo sijaitsee teollisuusalueella, samoin varastotilat ovat teatteritalon ulkopuolella.

Joensuun kaupunginteatterin historiaan mahtuu useita värikkäitä vaiheita. Yhteiskunnallisia ristiriitoja, taloudellisia takaiskuja ja taiteellisia näkemyserojakin heijastelleet kriisit näyttävät toistuneen lähes säännöllisin välein. Vastoinkäymisistä oli pahin talvella 1966 sattunut tulipalo. Toisaalta suuret katsojaluvut ja taiteelliset voitot ovat nekin puhuttaneet sekä joensuulaista yleisöä että teatteriväkeä kautta maan.

Joensuun kaupunginteatterin menneisyyteen kuuluu olennaisena vaiheena Jouko Turkan johtajakausi (1968-1972), jolloin erityisesti hänen ohjaamansa kotimaisten näytelmien tulkinnat herättivät valtakunnallista huomiota. Hänen jälkeensä johtajina ovat toimineet Kalervo Nissilä (1973-1978), Seppo Luhtala (1978-1982), Vesa Raiskio (1983-1987), Ahti Ahonen (1987-1990), Heikki Mäkelä (1991-1996), Reino Bragge (1996-1999), Liisa Isotalo (1999-2003), Kimmo Lavaste (2003 -2008), Riku Innamaa (2008 – 2010), Tero Heinämäki (2010 – 2013), Vihtori Rämä (2013 – 2015 ), Leena Kinanen, vt. (2015-2016) ja Iiristiina Varilo (2016 – )